עם נפילת האימפריה היוונית ולאחריה הרומית, ספג עולם היין מהלומה קשה. עד אותה תקופה הונהגה תרבות שלמה של טקסים ונוכחות משמעותית ליין בכל אירוע חשוב. אבל כאשר השבטים הברברים כבשו את אזורי אירופה והמזרח התיכון הם כמעט והעלימו כל זכר ליין.הם לא ביססו שום תרבות של מנהגי יין, מה שסיכן את המשך קיומה של תעשיית היין ובכלל זה גם תרבות היין. רגע לפני שהיא נעלמה לחלוטין היא זכתה לטיפוח ממקור בלתי צפוי.
בימי הביניים מי שהחלו לטפח את היין היו דווקא הנזירים הקתולים, אשר ראו ביין סמל לדמו של ישו. במהרה קיבל היין מימד פולחני חשוב לצד לחם הקודש. דובר על כך שישו נהג לשתות יין בקביעות לצד אזכור הנס המפורסם בו הפך ישו מים ליין. בסעודה האחרונה ערב לפני צליבתו המשיל ישו את היין לדמו בנאום שהיה כנראה קידום המכירות הטוב בהיסטוריה. "שתו את היין כי זהו דמי, דם הברית החדשה והנצחית הנשפך בעד רבים לסליחת חטאים". תלמידיו המשיכו במסורת הסעודות רבות המשתתפים, שכללו לגימת יין מהכוס של ישו, כסמל לגביע הקדוש. עם התנצרותה של אירופה חזר היין למעמדו ונכלל כחלק מפולחנים וטקסים, החשוב בהם היה המיסה. במרכזו של הטקס, שנועד לשחזר את הסעודה האחרונה, עמדו הלחם והיין. במהלך הטקס בשלב המכונה אוכריסטיה, בוצע הכומר לחם ומחלק למתפללים, כסמל לשבירת גופו של ישו על הצלב. ולאחר מכן מוזג הכומר למתפללים יין וקורא "זהו גביע דמי, דם הברית החדשה שנשפך למחילת חטאים", ובכך מדמה את היין לדמו של ישו.
הכנסייה תפסה מקום מרכזי בתעשיית היין בכך שדאגה לגידולם של כרמים. האפיפיורים והחשמנים החזיקו במרתפי יין גדולים שנוהלו על ידי כמרים מומחים.
אט אט הפך היין למשקה העיקרי במערב אירופה של ימי הביניים. לגמו אותו נוצרים, יהודים ומוסלמים כאחד, בעוד המים נחשבו משקה שנועד לבהמות ולחיות בלבד, שאפילו נזירים סגפניים נמנעו מלשתות אותם. בארצות בהן גידלו גפנים כמו צרפת וגרמניה, השיכר (שהוא לא יין) היה נחשב למשקה של עניים ושתו אותו בעיקר בארצות שהאקלים בהם לא אפשר את גידול הכרמים. עד כדי כך תפס היין מקום מרכזי שפועלים וצמיתים קיבלו מן הפיאודל מנת יין יומית. כתוצאה מכך במאות הראשונות של האלף השני הייתה כמות גדולה של מסבאות באותם אזורים של מערב אירופה. היין זכה לשימוש נוסף בעיקר בקרב העם. אלה השתמשו ביין גם לצורכי ריפוי על ידי רקיחתו לשיקויים בתוספת עשבי מרפא ואבקות שונות.
בעוד אירופה הפכה נוצרית ומעמד היין עלה שוב כתוצאה מכך, באזורים שבין פרס למצרים החל תהליך הפוך. בשנת 622 מוחמד החל להפיץ את דת האסלאם. בתחילה הותרה שתיית יין אך לאט לאט הוא שינה את דעתו. בשלב הראשון אסר מוחמד את שתיית היין בקרב מאמיניו רק לפני התפילה כדי שדעתם לא תוסח. בשלבים מאוחרים יותר אסר מוחמד את שתיית היין והגדירה כמעשה שטן. כתוצאה מכך הפך היין לאיסור מוחלט באזורים הללו וכן גם באזורים של ארץ ישראל.
בספרד מעמדו של היין היה רם ונכבד בקרב המוסלמים ששלטו בחלקו וגם בקרב היהודים שניהלו את חצרות השליטים. אלה ביססו גם תרבות של שתיית יין במשתים ובאירועים חגיגיים וכתבוע ליו שלל שירים. משוררים יהודים גדולים מהתקופה כמו אבן גבירול, יהודה הלוי, יהודה אלחריזי, שמואל הנגיד ועוד רבים אחרים, נהוג לכתוב שירי הלל ליין לצד שירי הקודש שהיללו את האל. בשירים אלה (שנלמדים עד היום) תיארו המשוררים את המשתים והחגיגות. התיאורים עסקו בעיקר במוזגים, המסובים, האווירה וכוס היין על שלל גווניה.
על כך למשל מדבר שירו של שמואל הנגיד שמוכר לכולם בזכות צביקה פיק.
מת אב ומת אלול
מ?ת א?ב ו?מ?ת א?לו?ל, ו?מ?ת ח?מ?ם / ג?ם נ?א?ס?ף ת?ש?ר?י ו?מ?ת ע?מ?ם,
ב?או? י?מ?י ה?קר, ו?ה?ת?ירו?ש? / א?ד?ם ו?קו?לו? ב?כ?ל?י ד?מ?ם .
ל?כ?ן, י?ד?יד?י, סב א?ל?י ר?ע?ים / כ?ל א?יש? ו?א?יש? י?ע?ש? א?ש?ר ז?מ?ם!
א?מ?רו?: ח?ז?ה ע?ב?ים ב?ה?ג?ש?ימ?ם / ו?ש?מ?ע ש?מ?י מ?רו?ם ב?ה?ר?ע?ימ?ם
ו?ר?א?ה כ?פו?ר ו?ל?ש?ו?ן מ?דו?ר?ה - ז?ה / י?ר?ד ו?ז?ה י?ע?ל ו?י?ת?רו?מ?ם.
קו?מ?ה, ש?ת?ה ב?כ?ו?ס ו?ש?ו?ב ו?ש?ת?ה / ב?כ?ד, ו?ב?ל?י?ל ו?ג?ם יו?מ?ם!
יחד עם זאת נאסר על יהודים לשתות יין שנגע בו מי שאינו יהודי, שזכה לכינוי "יין נסך". האיסור נבע מחשש שהיהודים ישתמשו ביין שנעשה לצורכי פולחן ועבודת אלילים, דבר שעשוי להוביל להתבוללות. הצריכה הגבוהה של יין בקרב היהודים לצד האיסורים גרמו ליהודים להתמחות בגידולי יין, לגדל כרמים ולייצר בעצמם יינות כשרים. אפילו על גדול הפרשנים, רש"י, נאמר שהיה כורם.
תפקידו של היין הן מבחינת תעשייתית ותרבותית הפך להיות כה חשוב עד שהמנהגים הקשורים בו שצויינו בכתבה שרדו לאורך ההיסטוריה עד ימינו אנו ברחבי העולם. לא בכדי ארצות נוצריות מרבות בשתיית יין, שפופולרי מאוד באירופה ובארצות הברית. גם איסורי היין האיסלמיים שמונהגים גם כיום במדינות ערב הם פועל יוצא מכך, כמו גם חוקי הכשרות הנוקשים בדבר יין כשר שמתקיימים עד היום בישראל..